网站架构作为网站内容的组织与关联体系，是 SEO 的核心基础。它直接影响搜索引擎爬行效率、索引覆盖率与页面权重分配，同时改善用户体验、强化内容主题相关性，适配移动优先趋势。遵循扁平化架构等最佳实践，可夯实 SEO 根基，显著提升网站搜索可见性与有机流量。

JS代码弹窗对自然排名的影响取决于设计合理性：侵入性强、干扰内容访问的弹窗可能因降低用户体验、触发“干扰性插页”规则等负面影响排名；而合规必要弹窗（如Cookie同意书）通常被容忍。关键是平衡营销需求与用户体验，通过优化时机、尺寸等降低风险。

同一服务器（虚拟主机）托管多个网站，共享IP本身不会影响SEO，搜索引擎更关注内容质量与用户体验。但“坏邻居效应”、服务器性能不足、IP黑名单、过度交叉链接等情况可能间接拖累排名。选择可靠主机、规避低质关联网站等策略可最大程度降低风险。

实时动态生成页面（如 SPA、AJAX 加载）对SEO的影响取决于内容可访问性与搜索引擎渲染能力，可能面临抓取困难、索引不全、速度慢等挑战。但通过服务器端渲染、静态生成等技术优化，可解决这些问题，确保页面被有效抓取与排名，技术适配是关键。

同时发布成千上万个URL存在SEO风险，可能引发爬行预算不足、内容质量低、重复内容、算法惩罚等问题，还会增加服务器负载、影响用户体验。但通过逐步发布、保障内容质量、优化链接结构等策略，可有效降低风险，关键是兼顾数量与价值。

删除不排名的旧内容对SEO排名的影响并非绝对，取决于内容质量、处理方式等。删除低质、过时或重复的旧内容可能提升网站质量信号、爬行效率等，助力排名；但删除有价值内容或处理不当（如无重定向）可能产生负面影响。需先评估再决策，必要时优先更新而非删除。